まだClustalWって使われているのかな
学生の時ClustalWというDNA配列等を比較するサイトを使っていました。
最初使ったとき結構感動したので、今回久しぶりに使ってみようとなりました。
今年の4月くらいの話ですが、4月くらいはコロナって何物?!って感じだったので、自分で色々調べていました。
春のころの話で今更なのですが、年末なので今年調べたものを整理してみてこんなことやってたなーという感じになった次第です
調べたことは遺伝子の配列の比較です。
調べた経緯なのですが、もう半年以上も昔の話なので、調べた経緯に自信が無いのですが、
コロナウイルスはウイルス表面にあるスパイクタンパク質がヒトの細胞にあるACE2に結合することで感染するみたいなので、ウイルスの遺伝子配列を比較してみるかという感じで調べてみました。
(今回は比較方法の紹介です。。結果はふーんくらいでお願いします。。)
学生時代に使っていたCluatalWで比較してみました。
https://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/
Sequencesの丸の部分でDNAかたんぱく質か選べます。
今回はDNAにしました。
次に調べるDNAを探すのですが、NCBIのサイトで2つ探してきました
1つは↓の2017年のコウモリのコロナウイルスです
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KY417144.1
もう1つは2020年4月くらいにでた論文のコロナウイルスです
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_045512
↑のページの最後の方にDNA情報が乗っています
この黒枠の部分をコピーして、メモ帳などに貼り付けます。
メモ帳の置換機能を使ってスペースと数字1,2,3,4,5,6,7,8,9,0を取り除きます
そしてClustalWに貼り付けます
「>」のあとに好きな名前をつけて、その下にDNAを貼り付けます
そして一行開けて、比較するDNAを貼ります
Send to ClustalWを押すと比較してくれます
するとこんな感じで結果が返ってきます!が、見ても全然わかりません(笑)
ずっとみていたら差分が大きい場所を発見しました
これがスパイクたんぱく質か?ってなり、今度はこれをBlastX検索してみました
下のやつです
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?LINK_LOC=blasthome&PAGE_TYPE=BlastSearch&PROGRAM=blastx
BlastX検索はDNA配列からたんぱく質を検索してくれるみたいなものです。
2020年のコロナウイルスの21603番目から21827番目くらいの配列を取り出して、これをアミノ酸配列に変換してみました
そしたら、なんとやっぱりウイルス表面たんぱく質の配列だと分かりました。
ただ、ここが関係しているかどうかは分からないです。
自分の中でニュースで言われてたことが少し信ぴょう性があがったなーって感じでした。あと、学生時代を思い出して楽しかったです。